长期饮用菊粉也有一定的副作用，菊粉不能长期使用，长期使用可能会引起消化系统紊乱，对人体健康也有一定影响，所以尽量不要长时间饮用。
菊粉主要是从植物中提取的保健品，使用后主要有调整血脂的功效，能有效缓解便秘，对于便秘引起的通便状况和排便困难等症状，也能得到明确改善，有助于通便顺畅排出不能长期使用或大量使用。长期使用时，可能显示肠道蠕动缓慢，消化系统紊乱，最终出现消化不良或腹痛，部分人腹部胀满，症状严重时，可能发生胆囊炎疾病，或出现依赖性，导致习惯性便秘。所以菊粉在日常生活中尽量不要喝太久，这样可以降低对人体健康的伤害。
菊粉禁忌组也比较多，比如婴儿和孕妇不能喝，接受胃手术和肠道手术的人也不能喝。