刘树农治学对《内经》深入研究，特别推崇《灵枢，对《难经》其弊多于利，有些方面甚至将中医理论引入歧途。刘氏博学强记，被称为“活字典”。在学术上努力思考和探索，绝无人云亦云。他严格管理学问，曾多次引用顾亭林一词。他告诫后学说：“写书立说，因为前人没有说，所以对后人来说是必要的。”。
刘氏从事临床医疗及医学教育65年，兼顾医理与哲理。深思熟虑，领悟中医三大规律。即：⑴生理活动规律——阴阳秘（消而不偏衰，长而不偏亢，相生相制，自动调节）②病理变化规律——邪正斗争（内出病多不足，外入病多余等）中医临床学规律——辨证论治（识别阴阳，验证求因，祛邪安正，助正祛邪，同病异治，异病同治）刘氏强调通法祛邪在治疗长病中的作用，用于化解老方，突破老方，扩大老方的应用范围，治疗多种疑难、常见病。如用“千金”紫圆治疗眩晕，用“金匮”当归芍药散治女性经漏等，均取得满意效果。此外，高度重视“血气”的生理和病理，擅长运用活血化瘀法治疗多种慢性病、难治病，如慢性肝病、久泻、咳喘、心血管疾病等，积累了许多宝贵经验。