学术思想
李时珍推荐临证、张元素，重瓣病证，立法严格，药品得当。治疗时，或化裁老方，或自组新方，或民间单检方，多有良效。他在新的历史条件下，根据自己的实践经验，改进了古代科学方法，积累了科研新经验。很好地活用着观察和实验，比较和分类，分析和综合，批判的继承和历史考证的手法。
1，观察和试验是本草药物研究的基本方法。李时珍自己采集药物，仔细观察后确认是真的。分类是科研的一项重要工作，要分类使创药研究体系化，关键还是如何确立分类标准。李时珍打破了本草学中使用的上中下三品分类法，确立了三界十六部分类法，使分类体系更加科学。此外，他根据“陶弘景”的主治医师分类法，建立了更完善的万病主治医师分类法，首创了药物归经分类法。
2，李时珍为逐味清药，出释名，集解、辩疑、正误、修治、气味、主治、发明、附方八项任务，这八项并非每味药都有，有的五、六项不等。实际上对各味药作出了系统的分析，又全面综合，在分析的基础上，又高度概括和综合了。
3，继承批判和调查研究是李时珍研究的重要方法。他研究各味药，经常先参考各家本草，试验各家异同，自己观察试验结果，加上参考：《本草经》中只载有枸杞籽名，不透露药用部位；《名医别录》指出根大寒，子有点冷；《药性论》称枸杞果甘平，子，叶皆同《本草衍义说枸杞籽是梗皮，李时珍说：“说枸杞籽：苗、叶，味苦甘气凉；根，味淡寒；子，味甘气平，味已殊，则功用当别。后人发前人未到之处。”。经过研究，在批判继承的基础上，产生新的东西，“发现前人未到之处”的精神，贯穿于他的整个研究活动。
4，[李时珍]躬亲实践，广泛向劳动人民学习，注意调查研究，是他的又一重要研究方法。莶一药错在坛上，有一种说法，即地之世家；李时珍经过广泛协商，诸草谛视聚集，莶即睫毛膏母猪的确认结果论，即使他被放置，也是见御者花/复治无损伤，其边肯定益气续筋，补劳损之功。邻家小儿食积，偶取羊食之，归而大吐愈，李时珍因此初载此品种入本草他从猎户口中得知虎骨壮志神的功能；从菜农那里明确地学到了芸苔即小松菜、工人、防止矿山中毒法、山里人、渔夫、农夫、皮工、猎户，都是他的老师，让他从调研中受益非浅。
5，历史考证方法是李时珍常用的科学方法。通过文献考柬埔寨，《本草纲目》中来自天竺，记载自大餐、南洋、胡人、蕃人和梵文，是佛经中获得的医药知识。经过历史考证，“据《本经》记载胡麻也是巨胜，据《抱朴子》记载，巨胜一名胡麻，以黄麻于及大藜子伪胡麻，错误又错误，不可视”。
虽然人类声称能战胜上天，但以上研究结果使我们更加坚定了这样一种信念：药物的性质不是固定的，可以通过人工方法改变其自然性质。药不起作用而沉者，用酒引之升；升浮者以咸寒药引之使降，李时珍表示迷信神仙说的错误，吃飞升举的谬性，批判服金银，不堪赖水谷的血肉之躯，“求仙丧命，可称愚也”。居住在水中，行走在水上，是邪说；“误食罪，通天下”，药物“能治病，不能吃东西”。
个人著述
李时珍的著作还流传着《奇经八脉考》《濒湖脉学；此外，《命门考》、《危机湖医案》、《五脏图论》、《三焦客难》、《天傀论》、《白花蛇传》等，均失。
“本草纲目”
李时珍借朱熹《通鉴纲目》之名，书名为《本草纲目》。嘉靖三十一年（1552年）着手编写，到明朝万历六年（1578年）完成三易稿，需要27年。由于编纂时间长、规模庞大，《纲目》由父亲和弟子庞鹿门参与编纂，次子建元作图，可以说是一部以“李时珍”为主的集体著作。
《本草纲目》16部，52卷，约190万字。全书收诸家本草所收药物1518种，在前人基础上增收药物374种，共1892种，其中植物1195种；共集录古药学家和民间单方11096则；书前附上药物形态图1100余幅。这部伟大的著作，吸收了历代本草著作的精华，尽可能纠正以前的错误，弥补不足，并有许多重要的发现和突破。到16世纪是中国最系统、最完整、最科学的医学和药学著作。
神农（本草经）以来，打破延续1000多年的上、中、下三品分类法，将药分为水、火、土、金石、草、谷、雷、果、木、器服、虫、鳞、介、禽、兽、人16部60类。各药标以正名为纲目，纲目以纲目为纲目。各种药物的知识也有系统的记述。包括校准、释名、集解、正误、修治、气味、主治、发明、附录、附方等项目，对药物的历史、形态、功能、方剂等进行了详细阐述，丰富了“本草”学知识。[4][10]。
根据马元俊先生的研究，李时珍在植物学方面创造的人为分类方法，根据一种实用和形态等相似的植物，将其分类为各类，并按层次逐级分类的科方法。一千多种植物，根据其经济用途、体态、习性和内容的不同，首先将大类分为上五部（以草、目、菜、果、谷为纲），下30类（以草9类、木6类、菜、果各7类、谷5类为目），再下分为几种。不仅暗示了植物之间的有关关系，还统一了很多植物的命名法。
"本草纲目不仅为中国药学的发展做出了巨大贡献，而且对世界医学和药学、植物学、动物学、矿物学、化学的发展也产生了深远的影响。日，被翻译成法、德、英、拉丁、露、朝鲜等十几种语言，在外国出版。该分类法是现代生物分类学的重要方法之一，比现代植物分类学创始人林奈的《自然系统》早一个半世纪，被誉为“东方医药巨典”。2011年5月，金陵版《本草纲目》被列入世界记忆遗产。
“濒湖脉学”
我觉得那个时代的中医学脉学有缺陷，根据父亲李月池所著的《四诊发明》和历史上脉论的精华，于1564年（明嘉靖43年）编写了《脉诀》。
《濒湖脉学》是在《李时珍》晚年写的，号命书是《濒湖脉学》。《濒湖脉学》语言简明，脉清，不仅总结临床复杂脉归纳基本27种脉，而且还将主要内容，即脉、相类脉鉴别，脉的主要病，都以韵文歌括形式编撰，廉价传记。《濒湖脉学》对中医学基础理论的研究和临床实践具有重大指导意义，是中医学的典范之作。
“奇经八脉考”
是1577年左右被写了的1卷。本书考证历代文献，对奇经循行和主病，加以详细说明。