琼脂糖凝胶电泳是一种常用的分子生物学技术，它可以根据DNA片段的大小来分离它们。琼脂糖凝胶电泳的制备和运用需要以下几个步骤：
1. 首先，要选择合适的琼脂糖浓度和电泳缓冲液。琼脂糖浓度越高，分离小片段的效果越好，反之则适合分离大片段。一般来说，琼脂糖浓度在0.2％至3％之间。电泳缓冲液常用的有TAE和TBE两种，它们可以提供稳定的电场和pH值。
2. 其次，要将琼脂糖和电泳缓冲液按比例混合，并在微波炉中加热至溶解。然后，在凝胶还没有固化之前，加入少量的溴化乙锭（终浓度为0.5 ug / ml），这样可以在紫外光下观察到DNA条带。接着，将凝胶液倒入装有梳子的模具中，并在室温下放置一段时间，直到凝胶完全固化。
3. 再次，要将固化好的凝胶从模具中取出，并放入电泳槽中。然后，用电泳缓冲液将凝胶完全覆盖，并将梳子轻轻拔出，留下一排均匀的孔洞。接着，将含有DNA和上样缓冲液的混合物用移液器吸取，并逐一注入孔洞中。最后，将电泳槽的盖子盖好，并连接上电源线。
4. 最后，要根据DNA片段的大小和琼脂糖浓度来设置合适的电压和时间。一般来说，电压越高，DNA迁移越快，但也容易造成凝胶过热或断裂。因此，应该选择一个适中的电压，并根据实际情况调整时间。在电流通入后，可以看到两个极端产生气泡，说明电场已经建立。由于DNA带有负电荷，在电场中会向正极（通常是红色）方向移动。为了监测DNA迁移的程度，可以在上样缓冲液中加入一些可视化染料（如溴酚蓝或二甲苯氰染料），它们会随着DNA一起移动，并在紫外光下呈现不同的颜色。
琼脂糖凝胶电泳技术的优点是操作简单、快速、灵敏、经济、可重复，可以用于分析和提纯DNA片段。但是，它也有一些缺点，比如不能分离超过10kb的大片段，不能精确测量DNA片段的大小，不能区分同大小的不同形状的DNA片段，以及可能造成DNA片段的损伤或污染等。因此，在使用琼脂糖凝胶电泳技术时，要注意以下几点：
1.选择合适的琼脂糖浓度和电泳缓冲液，以达到最佳的分离效果；
2.控制好电压和时间，以避免凝胶过热或断裂；
3.使用新鲜的溴化乙锭和紫外光源，以减少DNA片段的损伤或污染；
4.使用标准的DNA分子量标记物，以便于估算DNA片段的大小。