华佗在多年的医疗实践中，区分不同的病情和脏腑病位，对疾病治疗得心应手。有一天，有两名军吏，全身热头痛，症状相同，但华佗的处方大不相同，用了发汗药，腹泻时，两人感觉非常奇怪，但服药后痊愈。原来华佗就诊后，已以表证著称，以发汗法解，一为里热证，不腹泻不能治。
华先生治府吏倪寻、头痛身热，则下此，以外实也。治头痛的身体变热的话，会出汗，也会有内在。覆盖外实忌表，内实忌下的秘也。又按内实湿火起，仍地气郁郁，待四散。外面的果实留在污垢中，山闲的水在等着下坡。其头痛与体热相同，治法不同者，虽得仙秘，实乃天地之道。我试了好几次，都有好几次效果。
又有督促邮件顿某，看了医生后，自觉病痊愈了，华佗割脉后，警告说：“你的病治好了，但是精神没有恢复。静养到完全恢复，禁止房事，否则，有生命之忧。”。这时顿妻得知丈夫病已痊愈，便从百里外赶来探望。那天晚上，他因不能谨慎处理房间里的事情，3天后因病死亡。另一位患者徐某因病卧床不起，华佗去看望他，徐说：“昨天医生给我针扎了胃管之后，咳嗽不止，烦躁得睡不着。”。
华佗曾为广陵太守陈登治病。那时，脸又红又烦躁。华佗有部下说在这个地方，后来叫华佗来诊疗，华佗首先准备了十几个洗脸盆，结果为了陈登吐出了几十盆红色的头虫，让他们开了药。陈登是吃鱼得的这种病，据说这种病3年后会复发，当时再拿到这种药，这种病就可以根治，并在临行时告诉了华佗家的地址。那年陈登36岁，结果陈登还是3年后老毛病复发，按地址找了，但是华佗的药童告诉陈登的使者去“华佗”山取药还没回来，也不知道什么时候回来。结果陈登去世了8.（依据见《三国志·陈登传》）
周泰受重伤时，华佗治好了他，后来曹操建议华佗时，【江东医周泰者？】
黄疸病广为流传时，华佗花3年时间对艾蒿药效进行反复试验，决定以春3月艾蒿嫩叶施治，挽救了不少患者。民间流传着这样一首歌：“三月种四月的春菊，传后世牢牢记住，三月治病，五月六月当柴火。”。华佗又用温开水温湿敷，治疗蝎子螯合痛，用苔藓精制膏药，治疗黄蜂螯合后肿痛，用蒜亩醋治虫病。用紫苏治鱼和螃蟹中毒，用白前治咳嗽，用黄精补虚劳。这样等待，既简单易行，又见效快。
府中官员倪寻、李延同时就诊，均为头痛发热，病痛症状相同。华佗有人对“倪寻应该流病邪，李延应该流汗驱病”这两种不同的治疗方法提出疑问。华佗回答倪寻是外实症，李延是内实症，所以治疗他们也应该使用不同的方法。说完后，马上给两人分别用药，第二天早上两人得了同样的病治好了。
许昌之死
华佗以医术为业，心中经常后悔（在中国封建社会医生属于“方技”，被视为“安业”）随后曹操自行处理国事，患病加重，专治华佗。华佗“这种病在短时间内很难治好，所以即使长期治疗也只能延长寿命”。华佗我想出门回家“收到家里的书后，我会回来一段时间。”“到了家，妻子说生病了，好几次都没有回来要求延长休假。之后又写了好几次信又命令郡县遣返。很生气，派人去查：如果他妻子真的病了，给红豆四千升，缓解假期；一声不响就逮捕押送。结果华佗因说谎，用转运车将华佗交给许昌监狱，经审讯，华佗供认服罪（汉律：1.欺君罪，2.不从罪）荀彧恳求曹操：华佗医术确实高明，事关人命，应该宽容。华佗临死前，他给狱警出了一本医学书，说：“这本书可以用来救人。”。狱警因害怕触犯法律而不敢接受，只好忍痛，取火烧书。